De naam ‘Winksele’ kan verklaard worden als een samenstelling van ‘Winiko’, een Germaanse persoonsnaam, en ‘sele’, een Germaans woord dat staat voor ‘een woning die uit één ruimte bestaat’. De verklaring is dus ‘woning van Winiko’. De oudste bekende schrijfwijze ‘Wenekensele’ dateert van 1133.
De namen ‘Winksele’ en ‘Vormezele’ doen het vermoeden rijzen dat er in de Frankische periode enkele belangrijke nederzettingen bestonden. Er wordt ook aangenomen dat de Vilvoordsebaan en de Warotstraat Romeinse secundaire heirbanen waren. Vanaf 1133 wordt Winksele in verschillende documenten als dorp vermeld. In de 12de eeuw bouwden de inwoners een stenen kerk tussen de IJzerenberg en de Hogebeek.
Winksele behoorde in de feodale periode tot het
Hertogdom Brabant. Leenmannen van de Hertog en enkele Leuvense abdijen en kloosters hadden er belangen.
Bij betwistingen konden de inwoners een beroep doen op het Leuvense gewoonterecht. Vanaf de 14de eeuw maakte Winksele deel uit van de meierij Herent. Toch werd de gemeente reeds bestuurd door een schepenbank met een vrij grote bevoegdheid. In 1309 had Winksele een eigen gemeentezegel.
In 1505 kocht Willem van Croy, die Heer van Chièvres was, Winksele, Veltem en Herent van de Boergondische Hertog Filips de Schone. In 1521 werd zijn neef Filips II de Heer van Winksele. In 1555 werd Winksele opnieuw opgenomen in het koninklijk domein.
Filips IV van Spanje schonk Winksele in 1645 aan Jan van Couwenhove. Die bezat een kasteel in de omgeving van de Vilvoordsebaan, de Lipselaan en de St. Jobsweg. In 1666 werd zijn zoon Carolus heer van Winksele. Hij werd Burgemeester van Leuven en liet de inwoners van Winksele zware karweien uitvoeren. Hiervoor werd hij door de kerkelijke overheid op de vingers getikt.
In 1716 werd Winksele verkocht aan Baron Nicolas Joseph de Baert de Berentrode. François Romain van ’t Sestich, Heer van Ophem, werd eigenaar van Winksele in 1738. Op de vooravond van de Franse inval in 1793 kwam het dorp in het bezit van Baron Philippe Ghislain Snoy et d’Oppuers. Hij was de laatste Heer van Winksele.
Het dorp werd verscheidene keren geplunderd door voorbijtrekkende legers: in 1543 door de troepen van Maarten van Rossum, in de 17de eeuw door de Fransen, in 1831 door de Nederlanders en in 1914 door de Duitsers.